부산항만공사(’04.1), 인천항만공사(’05.7), 울산항만공사(’07.7)에 이어 네 번째로 설립되는 여수광양항만공사는 여수항과 광양항 등 2개의 항만을 관할하는 최초의 항만공사로서 정부에서 출자한 1조5,552억원의 자산을 기반으로 독립채산제 시행을 통한 자율경영 확보와 민간의 경영기법을 도입하여 생산성 향상을 기하게 되었다. 그동안 광양항 컨테이너부두 및 배후단지 개발․운영은 한국컨테이너부두공단이, 여수항과 여천석유부두 및 제철부두 등 나머지 항만시설의 개발․운영은 여수지방해양항만청이 각각 담당하여 항만시설관리운영의 이원화에 따라 효율성이 저하되었으나, 항만공사의 설립으로 항만시설관리운영 주체를 일원화하여 부산항에 이은 우리나라 제2의 항만으로써 위상을 굳건히 구축해나갈 토대를 마련하였다.
광양항 컨테이너부두 건설에 따른 부채를 안고 출범하는 여수광양항만공사에 대한 일부 우려의 시선에도 불구하고, 항만시설의 개발이 거의 마무리 단계에 있어 항만운영의 효율화를 도모한다면 부채문제도 안정적으로 해소해 나갈 것으로 기대된다. 정부는 이를 뒷받침하기 위해 권도엽 국토해양부 장관도 창립기념식에서 여수신항 대체시설을 조기에 조성하고, 항로증심준설 등을 지속적으로 확충하는 등 신설 여수광양항만공사가 재정부담이 되지 않도록 조치하여 항만공사 설립으로 항만시설사용료를 인상하거나, 민원불편이 발생하지 않도록 지원을 아끼지 않을 것임을 밝혔다.
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