서울특별시교육청은 지난 1월 26일 「지방교육자치에 관한 법률」 제28조에 따른 교과부 장관의 재의요구 요청에도 불구하고, 조례 공포를 강행한 바 있다. 이에 교과부는, 서울 학생인권조례는 법률에 보장된 주무부장관의 재의요구 요청권을 침해하는 등 중대한 절차상 하자가 있어 무효라고 판단하고 ‘학칙개정 지시’는 위법·무효인 조례에 근거하여 초중등교육법 제8조 및 시행령 제9조에서 보장하고 있는 학교의 자율성을 침해하고 있어 위법하다 판단되어 현재 대법원에서 ‘조례무효확인소송’이 진행 중이므로 학교현장의 혼란을 가중시킬 수 있는 등 현저히 공익을 해할 우려가 있다고 밝혔다.
시정명령 이행기간은 2012년 2월 7일까지이며, 이 기간 중 서울시교육청이 명령을 이행하지 않을 경우, 교과부는 지방자치법 제169조제1항에 따라 동 ‘학칙개정 지시’를 직권취소하거나 정지시키는 방안을 검토할 예정이다
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